序列比對的基本方法（二）

序列比對的基本方法（二）內(nèi)容1.基本方法概述2.FASTA簡介3.BLAST介紹內(nèi)容1.基本方法概述概述序列比對（alignment）：為確定兩個或多個序列之間的相似性以至于同源性，而將它們按照一定的規(guī)律排列。，將兩個或多個序列排列在一起，標(biāo)明其相似之處。

概述序列比對（alignment）：為確定兩個序列相似性比較：就是將待研究序列與DNA或蛋白質(zhì)序列庫進(jìn)行比較，用于確定該序列的生物屬性，也就是找出與此序列相似的已知序列是什么。完成這一工作只需要使用兩兩序列比較算法。常用的程序包括BLAST,FASTA等；序列相似性比較：就是將待研究序列與DNA或蛋白質(zhì)序列庫序列同源性分析：是將待研究序列加入到一組與之同源，但來自不同物種的序列中進(jìn)行多序列同時比較，以確定該序列與其它序列間的同源性大小。這是理論分析方法中最關(guān)鍵的一步。完成這一工作必須使用多序列比較算法。常用的程序有CLUSTAL等。序列同源性分析：是將待研究序列加入到一組與之同源，但來自不同F(xiàn)ASTA簡介Fasta算法是由Lipman和Pearson于1985年發(fā)表的，基本思路是識別與代查序列相匹配的很短的序列片段，稱為k-tuple。以下是EBI提供的fasta的服務(wù)：http://www.ebi.ac.uk/fasta33/FASTA簡介Fasta算法是由Lipman和Pearson基因比對的基本方法課件BLASTBLAST是一個NCBI開發(fā)的基因序列相似性數(shù)據(jù)庫搜索程序，還可作為鑒別基因和遺傳特點(diǎn)的手段。BLSTA是BasicLocalAlignmentSearchTool‘局部相似性基本查詢工具’的縮寫CompareaquerysequencetoallthesequencesinaspecifieddatabaseBLASTBLAST是一個NCBI開發(fā)的基因序列相似性數(shù)據(jù)庫BLAST的資源網(wǎng)絡(luò)版本：在線的blast服務(wù)是我們最經(jīng)常用到的blast服務(wù)。單機(jī)版本：可以通過NCBI的ftp站點(diǎn)獲得，有適合不同平臺的版本包括linux,dos等。獲得程序的同時必須獲取相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫才能在本地進(jìn)行blast分析。BLAST的資源網(wǎng)絡(luò)版本：在線的blast服務(wù)是我們最經(jīng)常用網(wǎng)絡(luò)版本網(wǎng)絡(luò)版/Blast/優(yōu)點(diǎn)：服務(wù)使用方便，容易操作，數(shù)據(jù)庫同步更新等優(yōu)點(diǎn)；缺點(diǎn)：不利于操作大批量的數(shù)據(jù)庫，同時也不能自己定義搜索的數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)絡(luò)版本網(wǎng)絡(luò)版http://www.ncbi.nlm.單機(jī)版本單機(jī)版：/blast/executables/優(yōu)點(diǎn)：是可以處理大批的數(shù)據(jù)，可以自己定義數(shù)據(jù)庫；缺點(diǎn)：需要耗費(fèi)本地機(jī)的大量資源，此外操作也沒有網(wǎng)絡(luò)版直觀，方便，需要一定的計(jì)算機(jī)操作水平。單機(jī)版本單機(jī)版：ftp://ftp.ncbi.nlm.nihBLAST分類Blast是一個序列相似性搜索的數(shù)據(jù)包，其中包含了很多個獨(dú)立的程序，這些程序是根據(jù)查詢的對象和數(shù)據(jù)庫的不同來定義的。BLAST分類Blast是一個序列相似性搜索的數(shù)據(jù)包，其中包BLAST分類程序名查詢序列數(shù)據(jù)庫搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸數(shù)據(jù)庫中的序列Blastp蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)序列搜索逐一蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的序列Blastx核酸蛋白質(zhì)核酸序列6框翻譯成蛋白質(zhì)序列后和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的序列逐一搜索Tblastn蛋白質(zhì)核酸蛋白質(zhì)序列和核酸數(shù)據(jù)庫中的核酸序列6框翻譯后的蛋白質(zhì)逐一比對Tblastx核酸核酸核酸序列6框翻譯成蛋白質(zhì)序列，再和核酸數(shù)據(jù)庫中的核酸序列6框翻譯成的蛋白質(zhì)序列逐一進(jìn)行比對，執(zhí)行相當(dāng)久BLAST分類程序名查詢序列數(shù)據(jù)庫搜索方法Blastn核酸核基因比對的基本方法課件基因比對的基本方法課件THANKYOU!

基因比對的基本方法課件序列比對的基本方法（二）

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概述序列比對（alignment）：為確定兩個序列相似性比較：就是將待研究序列與DNA或蛋白質(zhì)序列庫進(jìn)行比較，用于確定該序列的生物屬性，也就是找出與此序列相似的已知序列是什么。完成這一工作只需要使用兩兩序列比較算法。常用的程序包括BLAST,FASTA等；序列相似性比較：就是將待研究序列與DNA或蛋白質(zhì)序列庫序列同源性分析：是將待研究序列加入到一組與之同源，但來自不同物種的序列中進(jìn)行多序列同時比較，以確定該序列與其它序列間的同源性大小。這是理論分析方法中最關(guān)鍵的一步。完成這一工作必須使用多序列比較算法。常用的程序有CLUSTAL等。序列同源性分析：是將待研究序列加入到一組與之同源，但來自不同F(xiàn)ASTA簡介Fasta算法是由Lipman和Pearson于1985年發(fā)表的，基本思路是識別與代查序列相匹配的很短的序列片段，稱為k-tuple。以下是EBI提供的fasta的服務(wù)：http://www.ebi.ac.uk/fasta33/FASTA簡介Fasta算法是由Lipman和Pearson基因比對的基本方法課件BLASTBLAST是一個NCBI開發(fā)的基因序列相似性數(shù)據(jù)庫搜索程序，還可作為鑒別基因和遺傳特點(diǎn)的手段。BLSTA是BasicLocalAlignmentSearchTool‘局部相似性基本查詢工具’的縮寫CompareaquerysequencetoallthesequencesinaspecifieddatabaseBLASTBLAST是一個NCBI開發(fā)的基因序列相似性數(shù)據(jù)庫BLAST的資源網(wǎng)絡(luò)版本：在線的blast服務(wù)是我們最經(jīng)常用到的blast服務(wù)。單機(jī)版本：可以通過NCBI的ftp站點(diǎn)獲得，有適合不同平臺的版本包括linux,dos等。獲得程序的同時必須獲取相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫才能在本地進(jìn)行blast分析。BLAST的資源網(wǎng)絡(luò)版本：在線的blast服務(wù)是我們最經(jīng)常用網(wǎng)絡(luò)版本網(wǎng)絡(luò)版/Blast/優(yōu)點(diǎn)：服務(wù)使用方便，容易操作，數(shù)據(jù)庫同步更新等優(yōu)點(diǎn)；缺點(diǎn)：不利于操作大批量的數(shù)據(jù)庫，同時也不能自己定義搜索的數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)絡(luò)版本網(wǎng)絡(luò)版http://www.ncbi.nlm.單機(jī)版本單機(jī)版：/blast/executables/優(yōu)點(diǎn)：是可以處理大批的數(shù)據(jù)，可以自己定義數(shù)據(jù)庫；缺點(diǎn)：需要耗費(fèi)本地機(jī)的大量資源，此外操作也沒有網(wǎng)絡(luò)版直觀，方便，需要一定的計(jì)算機(jī)操作水平。單機(jī)版本單機(jī)版：ftp://ftp.ncbi.nlm.nihBLAST分類Blast是一個序列相似性搜索的數(shù)據(jù)包，其中包含了很多個獨(dú)立的程序，這些程序是根據(jù)查詢的對象和數(shù)據(jù)庫的不同來定義的。BLAST分類Blast是一個序列相似性搜索的數(shù)據(jù)包，其中包BLAST分類程序名查詢序列數(shù)據(jù)庫搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸數(shù)據(jù)庫中的序列Blastp蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)序列搜索逐一蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的序列Blastx核酸蛋白質(zhì)核酸序列6框翻譯成蛋白質(zhì)序列后和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中的序列逐一搜索Tblastn蛋白質(zhì)核酸蛋白質(zhì)序列和核酸數(shù)據(jù)庫中的核酸序列6框翻譯后的蛋白質(zhì)逐