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國內的一些有針對性的數(shù)據(jù)庫

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我國的核酸序列公共數(shù)據(jù)庫

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淮時詞渾5月16日星期四站內全文檢索：■檢索也索說明

分析案例

共0頁，。條記錄

（）條記錄可以看出網(wǎng)站的維護和使用都不怎么頻繁。

其他許多網(wǎng)站也沒有明顯的巨大差距。

二、國內的一些大型數(shù)據(jù)庫

中國知網(wǎng)

大部分高校已經購買了它的資源，是國內較權威、全面的數(shù)據(jù)庫。主要是文獻下載，不針對

我們實驗過程中對數(shù)據(jù)遇到問題時的解答。

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數(shù)字出版與合作文學?歷史?問媛?表格技承秘冽涉

冀鼎覺SciFinder

SciFinder使用簡介

SciFinderScholar是美國化學學會(ACS)旗下的化學文摘服務社CAS

(ChemicalAbstractService)所出版的《ChemicalAbstract》化學文摘

的在線版數(shù)據(jù)庫學術版。其內容涵蓋應用化學、化學工程、普通化學、

物理、生物學、生命科學、醫(yī)學、聚合體學、材料學、地質學、食品

科學和農學等諸多領域。

/products/scifinder/

SciFinder是可以與交大圖書館相連的，在找到文獻時，可以直接連接

到交大圖書館進行檢索幫助。

下面以檢索MolecularDynamics為例簡單解釋其使用。

在登進SciFinder之后會進入檢索界面。上圖即為SciFindor的文獻檢

索界面，可以對文件類型，語言，作者等信息作初步篩選。除此之外

也可以看到左面可以選擇對作者，公司，雜志，專利進行直接檢索。

在搜索之后會出現(xiàn)題目和內容相關兩種文獻分類，如我們選擇內容

相關Moleculardynamics,點進GetReference。

這是檢索完成的結果。我們可以看?到，在Reference字樣之后又

Getsubstances等字樣，我們可以通過這些選項獲取選定文獻中相關

的物質、反應、相關的引用及被引用等。在右側可以看到Analysis

以及Refine選項?，F(xiàn)在顯示的是Analysis中的JournalName選項，

可以看到對于MD來說,JCP,JPC,Biochemistry,JACS等雜志具有較

多的信息。除此之外，還有對作者，公司的分析，為我們對相關內容

的行業(yè)情況的了解提供了方便。

Refine即對相關文獻進行提煉，即對標題，語言等選項進行選擇。

如圖為對選中的文獻進行refine,選擇出是中文的文獻。

ExploreReference模塊大致就是如此。除此之外的對物質及反應的搜

索模塊ExploreSubstances和ExploreReactions的界面類似，同樣十分

友好，大家可以自行探索。

劉士毅UCSCGenomeBioinformatics

UCSCGenomeBioinformaticshttpJ/ncnomc.ucsc.cdu/

5100809083劉上毅

這是一個非常常用的基因搜索工具，包含了許許多多實驗室最新的測序結果。

這是基因搜索界面，可以定位想要搜索的基因的位置

L>nc?lctchrUn:6l9.013,T91-6I9.054.T19-BSCCcnoacDcovxerv2S3-luollaFitefu*酊|西國

文懵Q)?HQlt(vi歷史①工MB帝hQP

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0<-fjXtt：-■L-?

進到如上界面時我們可以通過界面看到所有不同結果(左列)在基因區(qū)域的分布

chi21:33t03laG97-33.041.5T0-DCSCCrauacDtvvxerv2S3-IUX*11MFiffefox

?n<z：歷史①第答出?h（M）

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V:|Kid*v

PhenotypeandOHewAvvociation*

GenesandGenePredictionTracks

Literature

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Expression

Regulation

ComparativeGenomks

NeandertalAssemblyandAnalytis

DenHovaAssemblyandAnalysis

VariationandRepeats

O4R，e)?

收件W-X?<tw?Q5EJ文尚??EJ會-，>3>?

而在這里我們可以選擇想要在界面顯示的序列，每個父項都可以展開，每個父項都有許多的

子項供選擇

彭思杰IntAct

鏈接：http://www.ebi.ac.uk/intact/

介紹：EBI下的一個蛋白質互作信息數(shù)據(jù)庫，里面包含了模式生物以及常見生物的蛋白質互

作信息。除了通過搜索杳找蛋白質互作的信息,InlAcl還提供了一些tools：Proviz和Validator,

前者用于圖形可視化，后者未使用過，所以不是很清楚。這兩個軟件以及數(shù)據(jù)庫的資料都可

以免費在即中進行下載。

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I4[5l6l7[8]I11

MoleculeALmksWMoleculeHLmksHInteractionO?teciKXiMethodIntecactonAC

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C1LRRK2

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-i-?n?x:IM-17897-7

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G9emmicroza氣出晶

mwx:III-17897-9

EBI?6313618

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如上圖就是IntAct的?個搜索結果界面。里面包括了參與反應的兩個分子以及反應類型等

信息，左上角也提供了各種格式的結果下載，可以進行批量下我。

沈方舟InterPro

InterPro:http://www.ebi.ac.uk/intcrpro/

簡介：

InterPro

是大型綜合生物信息學數(shù)據(jù)庫EMBL-EBI下屬的一個數(shù)據(jù)庫，該

數(shù)據(jù)庫的功能是蛋白質序列分析與分類，該數(shù)據(jù)庫通過多種特征將蛋白質按家族

分類并且預測域（domain）和功能性位點。InterPro可以提供域、蛋白質家族

及位點的相關信息。

數(shù)據(jù)庫使用：

1.網(wǎng)頁搜索：

如下圖所示，直接搜索ID可以得到ID的相關信息，包括綜述、相關蛋白質、

域組織、通路與相互作用、物種、結構、文獻和交叉引用。InterPro支持搜索的

ID除了其自身數(shù)據(jù)庫的ID,還可以用pfam（蛋白質域數(shù)據(jù)庫）或G0（基因注

釋）的ID進行搜索。

ZAddyour?nrotation

OverviewQFamily

Pro<t?mmatched

Atypicaldualspecificityphosphatase,subfamilyAContributingsignatures

Domainorgan(s?ttons

(IPR020405)SignaturesfromInterPr?

memberdatabasesarejsed

Shortze:Atypical_DUSP_f9mAtoconstructanemry.

Species

■PRINTS

Structures

FamilyrelationshipsPR01909(ADSPHPHTAStA)

UC?rMur?

QDuels>ec^c?yphwpbatose(1PR024950)

Cross-references(2)

QArypcdldualspecihcityphosphates(1PR020417)

QAtypicaldu?lspedfidtyphospha(??e^subfamilyA(IPft020405)

Descrption

Dualspecificityphosphatases(DUSPs)aremembersofthesucerfamilyofproteintyrosine

phosphatases(PMIO:17057753,PMID:15186772].Theyremovethephosphategroup

frombot*phospho-tyrosineandptiospbo-serine/threoninerescues.Ingeneral,DUSPs

arcdas&ncdIntothefollowingsubgroups[PMID:19228121]:

除此之外,InlerPr。還支持關鍵字搜索，如下圖所示，搜索關鍵字的結果一

般會有許多結果。從圖中左側可以看出InterPro所包含的信息有四種，包括蛋

白質家族、域、蛋白質重復和位點。另外右上的show

more

data可以鏈接到EMBL

—EBI以獲取更多的相關信息。

最后，作為作為蛋白質序列分析的數(shù)據(jù)庫,InlerPr。也支持直接分析蛋白質

序列，下圖是序列搜索結果的頁面。

EMBL-EBIServicesResearch

InterProScan

InputformWebservicesHelp&Documentation

Tools>ProteinFunctionalAnalysis>InterProScanSequenceSearch

Resultsforjobiprscan-l20130519-133609oy

SummaryTableToolOutputVisualOutputSubmissionDetails

IPR013032EGF-like,conservedsite

MethodIdentifierDescriptionMatchese

PROSITEPS00022EGF_1-1.0[314-325]T

-1.0(610-621]T

-1.0(1076-1087)T

-1.0[1400-1411]T

-1.0(2273-2284]T

-1.0[2539-2550]T

-1.0[3146-3157]T

-1.0[3278-3289]T

ParentNoparent

ChildrenNochildren

FoundinIPR000742IPR001491IPR001881IPR002049IPR002396IPR008297

IPR010423IPR011170IPRO11398IPR012013IPR012111IPR012224

IPR013111IPR014394IPRO15149IPR015442IPR015446IPR015455

IPRO15497IPR015812IPR016316IPR016317IPR016348IPR017047

IPR017048IPR017050IPR017369IPR018250IPR022355

ContainsNOentries

2.數(shù)據(jù)下載

除了在網(wǎng)頁